Die Münchner Philharmoniker wurden 1893 auf Privatinitiative von Franz Kaim, Sohn eines Klavierfabrikanten, gegründet und prägen seither das musikalische Leben Münchens. Bereits in den Anfangsjahren des Orchesters – zunächst unter dem Namen »Kaim-Orchester« – garantierten Dirigenten wie Hans Winderstein, Hermann Zumpe und der Bruckner-Schüler Ferdinand Löwe hohes spieltechnisches Niveau und setzten sich intensiv auch für das zeitgenössische Schaffen ein. Von Anbeginn an gehörte zum künstlerischen Konzept auch das Bestreben, durch Programm- und Preisgestaltung allen Bevölkerungsschichten Zugang zu den Konzerten zu ermöglichen. Mit Felix Weingartner, der das Orchester von 1898 bis 1905 leitete, mehrte sich durch zahlreiche Auslandsreisen auch das internationale Ansehen.
Gustav Mahler dirigierte das Orchester in den Jahren 1901 und 1910 bei den Uraufführungen seiner 4. und 8. Symphonie. Im November 1911 gelangte mit dem inzwischen in »Konzertvereins-Orchester« umbenannten Ensemble unter Bruno Walters Leitung Mahlers »Das Lied von der Erde« zur Uraufführung. Von 1908 bis 1914 übernahm Ferdinand Löwe das Orchester erneut. In Anknüpfung an das triumphale Wiener Gastspiel am 1. März 1898 mit Anton Bruckners 5. Symphonie leitete er die ersten großen Bruckner-Konzerte und begründete so die bis heute andauernde Bruckner-Tradition des Orchesters. In die Amtszeit von Siegmund von Hausegger, der dem Orchester von 1920 bis 1938 als Generalmusikdirektor vorstand, fielen u.a. die Uraufführungen zweier Symphonien Bruckners in ihren Originalfassungen sowie die Umbenennung in »Münchner Philharmoniker«. Von 1938 bis zum Sommer 1944 stand der österreichische Dirigent Oswald Kabasta an der Spitze des Orchesters, der die Bruckner-Tradition der Münchner Philharmoniker glanzvoll fortführte und auch bei zahlreichen Gastspielreisen im In- und Ausland unter Beweis stellte.
Eugen Jochum dirigierte das erste Konzert nach dem Zweiten Weltkrieg. Mit Hans Rosbaud gewannen die Philharmoniker im Herbst 1945 einen herausragenden Orchesterleiter, der sich zudem leidenschaftlich für neue Musik einsetzte. Rosbauds Nachfolger war von 1949 bis 1966 Fritz Rieger. In der Ära Rudolf Kempes, der das Orchester von 1967 bis zu seinem frühen Tod im Jahr 1976 leitete, bereisten die Philharmoniker erstmals Japan und die damalige UdSSR.
Im Februar 1979 leitete Sergiu Celibidache seine erste Konzertserie bei den Münchner Philharmonikern und wurde im Juni desselben Jahres zum Generalmusikdirektor ernannt. Konzertreisen führten ihn und das Orchester durch viele Länder Europas, nach Südamerika und Asien. Die gemeinsamen legendären Bruckner-Konzerte trugen wesentlich zum internationalen Ruf des Orchesters bei. In der Ära Celibidache wurde das Orchester wiederholt aufgefordert, die Bundesregierung oder den Bundespräsidenten als musikalischer Botschafter zu begleiten.
Nach langen Interimsjahren im Münchner Herkulessaal erhielten die Philharmoniker 1985 mit der Philharmonie im Gasteig nach über 40 Jahren endlich wieder einen eigenen Konzertsaal. Ihre alte Heimstatt, die sog. »Tonhalle« in der Türkenstraße, war 1944 völlig zerstört worden.
Im September 1999 wurde James Levine Chefdirigent der Münchner Philharmoniker. Mit ihm unternahmen die Münchner Philharmoniker ausgedehnte Konzerttourneen durch Europa, gastierten in der Carnegie Hall in New York und gaben 2002 ihr gemeinsames Debüt bei den Londoner »Proms«. 2003 verlieh der Deutsche Musikverleger-Verband den Münchner Philharmonikern den Preis für das »Beste Konzertprogramm der Saison 2002/2003«.
Christian Thielemann unterzeichnete 2003 seinen Vertrag als Generalmusikdirektor. 2005 wurde ihm und den Münchner Philharmonikern die Ehre zuteil ein Konzert vor Papst Benedikt XVI. im Vatikan zu geben. Christian Thielemann leitete im Oktober 2010 zwei Festkonzerte anlässlich des 100-jährigen Jubiläums der Uraufführung von Gustav Mahlers 8. Symphonie, die damals von den Münchner Philharmonikern unter der Leitung des Komponisten uraufgeführt worden war.
2004 ernannten die Münchner Philharmoniker Zubin Mehta zum ersten Ehrendirigenten in der Geschichte des Orchesters. Eine überaus erfolgreiche Tournee führte sie im September 2010 nach Südamerika. Nach dem erfolgreichen gemeinsamen Brahms-Zyklus im Januar 2024 ist derzeit die Veröffentlichung aller vier Symphonien im Label »MPHIL« in Planung; die beiden Brahms-Klavierkonzerte mit Yefim Bronfman sollen zudem auf LP erscheinen.
Auf Christian Thielemann folgte Lorin Maazel, der die Position des Chefdirigenten bis zu seinem Tod im Jahr 2014 übernahm. Von 2015 bis 2022 war Valery Gergiev Chefdirigent der Münchner Philharmoniker, mit ihm spielten sie alle Symphonien Anton Bruckners in der Stiftskirche St. Florian für das Orchester-eigene Label »MPHIL« ein.
Mit dem Programm »Spielfeld Klassik« haben die Münchner Philharmoniker in den letzten Jahren ein umfangreiches Vermittlungs-Angebot für alle Generationen entwickelt. Bis zu 35.000 Interessierte allen Altersklassen besuchen jährlich die mehr als 150 Veranstaltungen. Mit Kinder-, Schul- und Jugendkonzerten, Probenbesuchen, Schulbesuchen von Philharmonikern, Instrumentendemonstrationen sowie einem Schüler- und Studentenabonnement erhalten insbesondere Kinder und Jugendliche vielfältige Möglichkeiten, sich mit klassischer Musik und der Arbeit eines großen Symphonieorchesters zu beschäftigen. Unter dem Motto »MPhil vor Ort« sind die Münchner Philharmoniker als »Orchester der Stadt« nicht nur in der Philharmonie im Münchner Gasteig zu erleben, sondern auch an außergewöhnlichen Orten wie dem Hofbräuhaus, Almen, Clubs und Industriehallen. In der Saison 2018/19 feierten die Münchner Philharmoniker ihr 125-jähriges Bestehen mit Festkonzerten, Symposien und zahlreichen weiteren Sonderprojekten.
Im Oktober 2021 eröffneten die Münchner Philharmoniker mit der Isarphilharmonie ihre neue Heimat und Spielstätte, während der Gasteig saniert wird. Entworfen wurde die neue Wirkstätte der Münchner Philharmoniker vom Architekturbüro »von Gerkan, Marg und Partner«, für die Akustik verantwortlich sind Yasuhisa Toyota und sein Büro Nagata Acoustics. Nahbar sein und neue Wege gehen – so lautet das neue Motto der Münchner Philharmoniker. Regelmäßig stattfindende Formate wie »MPhil late« und »Wandelkonzerte« schaffen neue Zugangspunkte für ein neugieriges Publikum.
Im Februar 2023 ernannten die Münchner Philharmoniker Lahav Shani zu ihrem neuen Chefdirigenten. Er tritt sein Amt im September 2026 an, dirigiert aber schon in den kommenden Spielzeiten verschiedene Programme in München und auf Tournee und wird auch die Konzerte bei Klassik am Odeonsplatz leiten.