Eduard Künneke wurde am 27. Januar 1885 in Emmerich als Sohn eines Kaufmanns geboren, von 1903 bis 1905 studierte er in Berlin Musikwissenschaft und Literaturgeschichte. 1905 bis 1906 besuchte er eine Meisterklasse bei Max Bruch. 1907 bis 1909 war er als Korrepetitor und als Chorleiter am Neuen Operettentheater am Schiffbauerdamm tätig. Von 1908 bis 1910 arbeitete er zugleich als Dirigent für das Plattenlabel Odeon, 1910 bis 1911 war er Kapellmeister am Deutschen Theater. Nachdem seine Oper Robins Ende (1909) nach der Uraufführung am Nationaltheater in Mannheim an 38 deutschen Bühnen nachgespielt wurde, gab er die Funktion des Chorleiters ab.
Während seiner Kapellmeisterzeit bei Max Reinhardt komponierte Künneke für die Inszenierung des Faust II die Bühnenmusik. Eduard Künnekes leichtbeschwingte Musik zeichnet sich durch Rhythmus und harmonische Stilbilder aus. Sein bekanntestes Werk wurde die Operette Der Vetter aus Dingsda (1921), viele seiner Lieder sind noch heute Schlager.
Nach der „Machtergreifung“ der Nationalsozialisten wurde er am 1. Mai 1933 Mitglied der NSDAP, wurde aber bereits 1934 wegen „nichtarischer Versippung“ ausgeschlossen, bestätigt 1936 vom Partei-Kreisgericht. Trotzdem durfte er mit einer Sondergenehmigung des Reichspropagandaministers Joseph Goebbels wegen des Propagandawertes weiterhin kompositorisch tätig sein. In der NS-Zeit schrieb Künneke weitere Operetten, Märsche und Filmmusiken.