Sissy Schmidhuber wurde 1970 in München geboren und erhielt ihren ersten Cellounterricht im Alter von sieben Jahren. Lange Jahre erhielt sie Unterricht bei Michael Hell. 1988 begann sie ihr Studium an der Hochschule für Musik in München bei Helmar Stiehler, führte es einige Jahre später bei Claus Kanngießer in Köln fort und beendete es dort 1994 "mit Auszeichnung". Während ihres Studiums war sie von 1988-1994 Solocellistin des Gustav-Mahler-Jugendorchesters, mit dem sie vor allem in verschiedenen Ländern Osteuropas auftrat. Seit 1994 ist Sissy Schmidhuber Mitglied der Münchner Philharmoniker, mit denen sie u.a. in Japan, Südkorea, Taiwan, Indien, Süd- und Nordamerika und weiten Teilen Europas gastierte. Im selben Jahr begann sie auch als Solocellistin in dem von Claudio Abbado initiierten Mahler Chamber Orchestra, das regelmäßig in Ferrara, Aix-en-Provence und Tokio residiert.
Vor allem ihre umfassende kammermusikalische Arbeit resultiert vielfach aus der Zusammenarbeit mit den dort engagierten Solisten. 2002 folgte sie der Einladung Claudio Abbados ins Luzern Festival Orchester, in dem sie seither regelmäßig mitwirkt. Ab 2003 trat sie zusätzlich zusammen mit dem Komponisten und Pianisten Peter Ludwig als Duo "Tango Immortale" auf. In gemeinsamer Arbeit entstand die CD "Lisboa", erschienen bei Oriente.