Stepan Kratochvil begann 1989 sein Studium im Fach Kontrabass am Konservatorium seiner Heimatstadt Prag, wo er bis 1995 von Prof. Vaclav Fuka unterrichtet wurde. 1997 schloss er seine Ausbildung an der Berliner Hochschule der Künste beim Solo-Kontrabassisten der Berliner Philharmoniker, Reiner Zepperitz, mit dem Konzertexamen ab. 1998 - 2000 war Stepan Kratochvil Stipendiat des Gustav Mahler Jugendorchesters, von 2000 - 2002 darüber hinaus Stipendiat der Herbert von Karajan-Stiftung der Berliner Philharmoniker. Dort erhielt er Unterricht bei Esko Leine.
Seit 2003 ist Stepan Kratochvil Mitglied der Kontrabass-Gruppe der Münchner Philharmoniker, seit 2006 Mitglied des Lucerne Festival Orchesters.
