Der in Rosenheim geborene Musiker erhielt im Alter von acht Jahren seinen ersten Musikunterricht. Sein Hornstudium begann Alois Schlemer zunächst bei Hans Noeth, dem langjährigen Solohornisten des Bayerischen Staatsorchesters, um es von 1978 bis 1982 bei Otto Schmitz an der Münchner Musikhochschule fortzusetzen. Nach Beendigung seines Studiums wurde Alois Schlemer im Alter von nur 19 Jahren Hornist bei den Bamberger Symphonikern. Seit 1985 ist er Mitglied der Horngruppe der Münchner Philharmoniker.